斗结束，男女主角和艾丽卡开始一起寻找失去的记忆。
猜测死灵斗士团可能知道她们的身份，至少大概率知道艾丽卡的身份，于是三人混进了死灵斗士团总部，得知了死灵斗士团上面还有一个绿谷组织，死灵斗士就是绿谷组织改造出来的。
三人杀出死灵斗士团总部，又想混进绿谷组织，结果被发现。
一场大战之后三人受伤，眼看着陷入危险，却被绿谷组织中的一个高层所救。
这个高层就是女主角和艾丽卡曾经的机甲术教官（苏菲玛索饰），女主角和艾丽卡都曾经是绿谷组织的人。
教官告诉他们机甲术和绿谷组织的完整历史，还有她当年收养阳子（阿丽塔本名）和艾丽卡并传授机甲术的真相。
原来女主角和艾丽卡都是火星战争造成的孤儿，被绿谷组织发现，准备对她们进行“批量改造计划“。
但在改造之前的训练中两人展现出了非常高的机甲术天赋，所以被教官选中进行更高等级的计划。
只是两人后来都在执行任务的过程中受过非常严重的伤，所以还是接受了改造。
同时绿谷组织的创始人便是机甲术的创始人X，目的是为了传承和继续研究机甲术。
原著中机甲术创始人是TigerSauer，许诚改成了X。
一开始绿谷组织还好，但随着X实力提升失败重伤，临终之前留下了一句遗言，整个绿谷组织和所有的机甲术传承者就全都疯了！
“只有没有经过任何改造的纯正人类才能够真正将机甲术修炼成功！”
已经恢复部分记忆的女主角和已经恢复全部记忆的艾丽卡同时说道。
女主角失忆是因为没有完成绿谷组织的任务，还是因为她自己心慈手软不愿意杀害普通人，并且发现绿谷组织一直宣扬的正义很可能都是骗人的，以至于被判处最高级别死刑，被高速抛入行星大气，然后被高温和冲击伤害到了大脑与意识，属于记忆损伤，所以恢复难度更大。
艾丽卡失忆是因为进行了死灵斗士改造，也就是被生物芯片控制了大脑，导致记忆被屏蔽，只要彻底摆脱控制就能够恢复记忆。
机甲术本来就是专门为改造人设计的格斗术，所以绿谷组织和所有的机甲术传承者自然全都是改造人，也就是对他们来说机甲术根本就是一条没有前路的死路。
加上他们又都是上等人，却发现
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