令大军向江南各地的日军残部发起清剿。此时的江南日军，群龙无首、士气崩溃，在联军的猛烈攻势下，根本无法组织有效的抵抗，只能四处逃窜。
从3月下旬到4月初，联军兵分多路，对苏州、无锡、杭州、宁波等江南重镇的日军残部进行清剿。在杭州，日军残部试图沿钱塘江逃窜，却被联军的海军舰队与地面部队夹击，全部被歼灭；在苏州，伪军见日军溃败，纷纷倒戈投降，引导联军肃清日军残部；在浙江北部，薛岳率领的部队与李辰的大军会师，共同清剿日军余孽。
清剿过程中，联军采取“恩威并施”的策略，对顽抗的日军予以坚决打击，对放下武器的日军与伪军则予以宽大处理。不少伪军见日军大势已去，纷纷投降，联军从中甄别出罪大恶极的汉奸予以惩处，对普通伪军则进行思想教育后遣散或编入补充部队。
至1940年4月初，整个江南地区的日军残部被基本扫清。此次江南光复战役，联军付出了沉重的代价：李辰与张治中麾下的20万大军损失约3万人，薛岳部伤亡3万人左右，顾祝同部伤亡4万人左右，总计伤亡10万人。但战果同样辉煌：共歼灭日军30余万人，伪军20余万人，缴获大量武器装备与物资，彻底摧毁了日军在华夏大陆的最后一支主力部队。
随着江南地区的光复，整个华夏大陆基本回到了中国人民的手中。从东北平原到南海之滨，从东海之岸到西北戈壁，除了台湾地区仍被日军占领外，所有被日军侵占的华夏领土均已收复。这是自全面抗战以来，华夏民族取得的最伟大的胜利，标志着抗日战争取得了决定性的胜利。