不满的贵族与武士，筹备倒幕事宜，希望能重现古代皇室掌控天下的盛况。
正中元年，后醍醐天皇认为时机成熟，暗中召集亲信大臣，密谋发动政变推翻镰仓幕府，他计划先派人联络各地反对幕府的豪族，约定时间同时举兵，再趁幕府军分散之际，夺取京都与镰仓。
然而，由于参与密谋的官员中有幕府的眼线，计划提前被幕府得知，幕府迅速出兵控制京都，将参与密谋的主要大臣全部逮捕，或处死或流放，后醍醐天皇也被严密监视，第一次倒幕运动以失败告终，史称“正中之变”。
七年之后，即元弘元年，后醍醐天皇并未放弃恢复皇权的念头。他利用幕府内部权力斗争加剧、地方豪族对幕府统治愈发不满的机会，再次暗中联络倒幕势力——这次他吸取了上次的教训，不再依赖京都贵族，而是重点拉拢各地的武士与豪族，甚至亲自逃出京都，前往伯耆国举兵。
倒幕军起初进展顺利，一度攻占了部分地区，但镰仓幕府很快调集重兵镇压，凭借强大的军事力量，最终击败倒幕军，史称“元弘之乱”。
后醍醐天皇再次被俘，随后被幕府流放至隐岐岛，第二次倒幕运动也以失败收场。
不过，两次倒幕运动虽未成功，却点燃了各地豪族反抗幕府的火种。镰仓幕府的残暴镇压与长期的苛捐杂税，早已让地方豪族怨声载道，后醍醐天皇的抗争让他们看到了推翻幕府的可能，各地纷纷爆发反对幕府的起义。
幕府为平息叛乱，派遣将领足利高氏率军前往京都周边平乱，而足利高氏出身武士世家，长期不满镰仓幕府由北条氏独揽大权，自己虽有战功却始终得不到重用，早已心怀怨恨。
在率军前往平乱的途中，足利高氏暗中与倒幕势力联络，最终选择倒戈——他率领军队调转方向，与倒幕军联手进攻镰仓。
此时的镰仓幕府因长期镇压叛乱已元气大伤，又遭遇足利高氏的倒戈，根本无力抵抗。
倒幕军很快攻破镰仓，最后一代幕府执权北条高时眼见大势已去，率领家族成员与亲信武士自杀身亡，存续百余年的镰仓幕府彻底灭亡。
此后，足利高氏凭借拥立后醍醐天皇、推翻镰仓幕府的功绩，逐渐掌控了倭国的实权，而短暂恢复皇权的后醍醐天皇，很快又被足利氏架空，倭国再次回到“天皇为傀儡，幕府掌实权”的局面，幕府与天皇的矛盾，也随之延续到了足利幕府时代。
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