对于朱载坖的决定，太子和太孙自然是不敢反对，但是太子提出是不是将麻贵调回来，毕竟麻贵自己就是回教徒，让他去办这事，似乎是有些不妥的，朱载坖认为也确实是如此，朱载坖当日就下达诏令，召征西副将军麻贵回朝提督天武军，掌清军督练总署事务。
同时对于西域，要再次大规模增兵，这次和上一次的增兵不同，上次主要是为了征讨蒙古人，所以所抽调的多是各镇的精骑，但是这次主要是以各部的步兵为主了，这次朝廷所抽调的兵力数量庞大，规模是空前的。
按照朱载坖给军机处下达的命令，抽调陕西、山西、河南、北直、山东、宁夏等各镇、各都司的常备官军，加强京军一部，北方各省之班操京军八万，中都、兴都两留守司常备官军，共计二十二万，准备兵发哈密，一举荡平叶尔羌汗国，解决西域的问题。
这么大规模的军事行动，自然是需要一员大将来指挥的，朱载坖决定以武定侯郭大乾出镇倭奴都统使司，调原提督倭奴水陆军务事刘綎回朝，刘綎毕竟有指挥大军作战的经验，更加重要的就是流通足够狠辣，在倭国和安南就已经表现出来的，要对于西域的回教上层进行大规模的清洗，刘綎是非常之合适的人选。
同时朱载坖还点用了潞国公马栋，沈阳伯黑云龙等一众武将，准备领兵西征，由于抽调来的官军各部是有各镇各都司、留守司所组成了，在战前必须要经过一段时间的磨合才行，朱载坖命令所调发的官军各部在兰州府集结操练，明年开春之后再进军西域。
同时这两年朝廷也一直在哈密、交河等地储存粮秣，准备支应官军作战，在哈密、交河供储存粮秣二百三十万石，同时朱载坖命令采购口粮一千万份，发运军前，作为官军士卒们的应急口粮。
同时朱载坖在作出了各种决定之后，才召集国务会议，商讨相关事务，对于朱载坖大举发兵西域，群臣是早就有所准备了，毕竟现在只有西域的战事久拖不决，对于朝廷来说也绝非好事，所以朱载坖这次大举发兵西域，若是能够一举解决西域战事，其实也不失为一个办法。
朱载坖首先阐述了自己的观点，也就是对于回教的态度，就是要坚决打击回教，尤其是这些妄图窃取政权的回教势力，朱载坖认为，在蒙元时期，这些色目人和回教势力就是帮助蒙元，而大明夺取天下的过程中，回回中上层官员
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